exeファイルでインストールしたaviutl2（AviUtl ExEdit2）でプラグインを追加するにはPluginフォルダーにプラグインのファイルをコピーすればよいはずですが、そもそもPluginフォルダーが見つからなくてハマりました。
私が探していたのがProgram Files直下のAviUtl2というフォルダーだったのですが、見るべきはここではありませんでした。
本当に見るべきはProgram Filesではなく、隠しフォルダーである「ProgramData」直下の「aviutl2」フォルダー。この中には予めPluginフォルダーがあるので、この中に「lwinput.aui2」などのプラグインのファイルを置けばよいです。
